ക്ഷേത്ര-പള്ളി തർക്കത്തിൽ ആർഎസ്എസ് തലവൻ മോഹൻ ഭാഗവതിന്റെ നിലപാട് ശക്തമായ വിമർശനങ്ങൾക്ക് വിധേയമായിരിക്കുകയാണ്. സംഘടനയുടെ മുഖമാസികയായ ഓർഗനൈസർ മുഖപ്രസംഗത്തിലാണ് ഭാഗവതിന്റെ പ്രസ്താവന തള്ളിക്കളയപ്പെട്ടത്. മുസ്ലിം പള്ളിയിൽ ക്ഷേത്രമുണ്ടെന്ന വാദത്തിന്റെ അടിസ്ഥാനത്തിൽ സർവേ അവസാനിപ്പിക്കണമെന്ന മോഹൻ ഭാഗവതിന്റെ അഭിപ്രായമാണ് വിവാദത്തിനിടയാക്കിയത്.